Hij treedt aanvankelijk in de voetsporen van zijn vader. Hij trouwt in 1778 in Ouderkerk aan de IJssel met Cornelia Jongebreur. De timmerman en molenmaker Jan van Lith verhuisde rond 1781 met zijn vrouw en zijn twee kinderen vanuit Ouderkerk aan de IJssel naar Uitgeest. Voor de uitoefening van zijn bedrijf kocht hij in 1797 voor F 1950, - de houtzaagmolen 'de Hoop' aan de Hennepklopperslaan, die aan de oostkant van de Binnenmeer lag. Bovendien kocht hij een waterplas, omdat de boomstammen eerst enige jaren moesten inwateren alvorens verwerkt te kunnen worden. Aan het Hoorne kocht hij twee huizen, waarvan een met een grote loods erachter. Hij woonde met zijn gezin aan het Hoorne nr. 77, ‎(het huisnummer is later gewijzigd in nummer 6 of 8)‎. In Uitgeest werden nog zeven kinderen geboren. Tijdens een brand in 1911 werd de molen verwoest.
Voorafgaand aan zijn burgemeesterschap vervulde Jan van Lith in de Nederlands Hervormde kerk afwisselend de functies van kerkmeester, ouderling en diaken. In 1794 begon zijn loopbaan in het plaatselijk bestuur met het ambt van Eerste Waardschap, dat vergelijkbaar is met burgemeestersambt. Van 1799 tot 1817 stond hij onder vier verschillende titels aan het hoofd van de gemeente, in de Bataafs-Franse tijd van 1799-1811 was hij president van de municipaliteit, in 1811 werd hij maire en in 1813 veranderde zijn titel in schout.
Jan van Lith maakte een woelige bestuursperiode mee: het einde van de Republiek, de inlijving bij Frankrijk en na de terugkeer van de zoon van Willem V, de oprichting van het Koninkrijk der Nederlanden. Ondanks alle politieke veranderingen bekleedde hij nog steeds hetzelfde ambt. Onder het Franse bestuur kregen de burgemeesters de opdracht gegevens te verzamelen over onder meer de bevolkingssamenstelling, de oogsten, en de veestapel en deze te rapporteren aan de onderprefect van het arrondissementsbestuur te Alkmaar. In tegenstelling tot de meeste van zijn ambtgenoten rapporteerde Jan van Lith in het Nederlands. Voor de verkiezingen van de municipale raad ‎(gemeenteraad)‎ maakte hij in 1811 een lijst van alle mannen van 21 jaar en ouder, waaruit afgeleid kan worden dat Uitgeest een agrarisch dorp was. Het merendeel van deze mannen was boer, tuinder, bloemkweker of werkman. De rijkste inwoners behoorden zonder uitzondering tot de groep van bloemkwekers en landbouwers. Hoewel Jan van Lith niet tot deze rijkste groep behoorde, kon hij zeker welvarend genoemd worden. Op de ranglijst van honderd hoogste belastingbetalers in Uitgeest stond hij op de 50-ste plaats.
Volgens de opgave van 1812 van onroerende goederen in Uitgeest waren er in het dorp onder meer 14 molens, 9 watermolens, 2 oliemolens, 1 korenmolen, 1 houtzaagmolen en 1 gruttersmolen. De laatste werd als enige door een paard aangedreven. Totaal waren er 206 huizen, waarvan 152 in Uitgeest en 27 in Marken-Binnen, dat tot Uitgeest behoorde. De school onder leiding van de 26-jarige 'schoolhouder' Floris Swart had honderd leerlingen die over 3 klassen verdeeld waren. Marken-Binnen had een eigen schoolmeester, Jacobus Elderbeek, die aan vijftien kinderen les gaf. Het schoolgeld bedroeg voor de eerste klas een halve stuiver en voor tweede en derde klas respectievelijk n en twee stuivers. Jan van Lith meldde in 1815 aan de onderprefect dat Uitgeest 1057 inwoners telde, waarvan 110 ondersteund werden door de armenzorg.
Van Lith was 67 jaar toen hij in 1817 met zijn burgemeesterschap stopte. In 1838 werden twee van zijn zoons tot burgemeester benoemd, Anthonie in Uitgeest en Jan ‎(1789-1862)‎ in Bennebroek. Hij zou dat echter niet meer meemaken. In 1831 overleed hij te Uitgeest, 80 jaar oud. Tot zijn nalatenschap behoorden vijf huizen, de molen 'de Hoop' en enkele stukken land. Een van de huizen stond naast het weeshuis van de Nederlands Hervormde kerk.

Anthonie van Lith 1782-± 1850
Dirk van Lith ± 1784-????
Neeltje van Lith ± 1786-????
Jan van Lith ± 1789-± 1862
Willem van Lith ± 1789-1843
Simon van Lith 1791-????
Anna van Lith ± 1793-????
Neeltje van Lith ± 1799-± 1875